يكي از انواع الگوهاي قرض الحسنه كه در شبكه بانكي كشور و خارج از آن اجرا می گردد، سپرده امتيازي است. در این الگو که به نسل دوم فعالیت های قرض الحسنه معروف شده است، از سپرده های خود متقاضیان قرض الحسنه جهت پرداخت تسهیلات به آن ها استفاده می شود. اگرچه شکل اولیه و ابتدایی الگوی سپرده امتیازی در صندوق های تعاون استفاده می شود ؛ اما حالت پیچیده تر و حرفه ای تر این الگو در بانک های قرض الحسنه و تعدادی از بانک های تجاری پیاده سازی شده است. به صورت کلی این بانک ها به سپرده هایی که میانگین حساب بیشتری دارند و مدت زمان طولانی تری در بانک سپرده گذاری می کنند، امتیاز دریافت وام اعطا می کند. معمولاً امتیاز وام در افزایش مبلغ وام و تعداد اقساط مؤثر است. بر اساس تحلیل صورت گرفته در این پژوهش، الگوی سپرده امتیازی برخلاف مزیت هایی که در مقام نظر برای آن در نظر گرفته می شود، با آسیب های جدی در مقام عمل همراه است. از جمله مهم ترین آسیب های این الگو می توان به «وجود شبهه ربا در الگوی قرض محور»، تفاوت ماهیت الگوی نظری با عملکرد واقعی نظام بانکی»، «نگاه بازاری به قرض الحسنه، تضعیف انگیزه معنوی مشتریان و ایجاد بازار سیاه امتیاز»، «انحراف از کارکرد اصلی قرض الحسنه و بروز تبعیض اجتماعی» و «تضعیف قرض الحسنه نوع اول، تحمیل هزینه بیشتر بر شبکه بانکی و احتمال درگیر شدن در بازی پانزی» اشاره کرد.